Después del secado, se realiza un proceso manual de selección a mano del café. Este proceso permite de eliminar todos los granos del café que tienen defectos. El proceso de selección con el ojo humano es uno de los más importantes. Consiste en elegir grano por grano e identificar aquellos que aún presentan defectos: manchas, raspaduras, pequeñas perforaciones o deformidades.

Como el Café ShuQush produce un café muy especial, es necesario que sea, una vez seco, almacenado en costales por lo menos durante 6 semanas. Esto es para que el grano acentúe sus propiedades que lo caracterizan, como son: cuerpo, aroma y acidez. Asimismo, los almacenes son alejado de toda fuente de contaminación (olores, sabores, humedad,…). El café es conocido por su capacidad a atraer y guardar los olores y sabores de su entorno.