Los granos despulpados entran en los llamados tanques de fermento (canoa de madera), un sistema tradicionalmente usado para separar el mucílago del grano (sustancia mielosa que cubre el grano recientemente despulpado). Tiene una duración aproximada de 24 a 30 horas, según la temperatura ambiente y el volumen de café a tratar.

Una vez que el grano soltó el mucilago después de la fermentación, se lava el café con agua limpia. El agua que sale de este proceso se llama Agua Miel. Esta agua es dulce y la utilizamos en procesos de abonamiento foliar y control de enfermedades.